Từ năm 1809, ông là giáo sư tại Đại học Paris. Năm 1816, ông được bầu làm thành viên nước ngoài của Học viện Khoa học Hoàng gia Thụy Điển. Ông được bầu vào Hạ viện vào năm 1828. Năm 1806, làm việc với măng tây, ông và Pierre Jean Robiquet (người phát hiện ra tương lai của thuốc nhuộm đỏ nổi tiếng alizarin, sau đó một nhà hóa học trẻ và trợ lý của anh ta) đã phân lập amino acid asparagine, người đầu tiên được phát hiện. Ông cũng phát hiện ra pectin và axit malic trong táo, và cô lập axit camphoric và axit quinic.

Ông qua đời khi ta đang đến thăm nơi sinh của ông.

Trong số những tác phẩm được biết đến nhiều nhất của ông là "Manuel de l'essayeur" (Hướng dẫn sử dụng).

Chi thực vật Vauquelinia được đặt tên để vinh danh ông, cũng như Vauquelin, bọt trắng trứng liên quan đến ẩm thực phân tử và khoáng chất vauquelinite, được phát hiện tại cùng mỏ với crocoite mà từ đó Vauquelin cô lập crom.